Las patologías, así como las posibles incidencias epidemiológicas resultantes de brotes de botulismo o influenza aviar (H5N1) son una de las principales amenazas a nivel nacional para la Malvasía cabeciblanca. Por este motivo, se ha realizado un control  y seguimiento continuado sobre la calidad de las aguas de los humedales, con la finalidad de detectar posibles epidemias o brotes.

Igualmente, se ha realizado un control sanitario sobre la población de Malvasía cabeciblanca, con la finalidad de mantener en condiciones de salud óptimas a los individuos con algún tipo de afección sanitaria negativa. El resultado de estos controles ha sido:

• La detección de un brote de botulismo en el verano de 2012 en los humedales de las Lagunas de Campotéjar y las Lagunas de Alhama, con el correspondiente traslado de los individuos afectados y cadáveres al CRFS El Valle. Resolución de los brotes a través del llenado y la renovación de las aguas de las balsas: http://goo.gl/SdpLWJ
• Extracción de un huevo de una Malvasía cabeciblanca hembra muerta por botulismo por parte del personal de CRFS El Valle, que fue trasladado hasta el CRFS El Saler, en Valencia. Allí, el nuevo pollo fue incluido en el programa de cría en cautividad de la Malvasía cabeciblanca, coordinado por el Grupo de Trabajo de la Malvasía cabeciblanca del Comité de Flora y Fauna del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente.
• La recuperación de un ejemplar con una lesión en el ala en las Lagunas de Alhama, que posteriormente fue puesto en libertad.